9月7日上午10點15分，日本巡邏艦在釣魚台領海內發現中國漁船非法捕撈活動。中國漁船無視日方停船命令且加速逃逸，並在逃逸途中二度故意撞擊巡邏艦，致巡邏艦損傷以及妨礙保安官登船檢查等違法行為，被巡邏艦帶回調查。中國外交部獲悉後表示：日本巡邏艦不得在釣魚台海域巡邏，並且，巡邏艦不可造成中國人員安全上的威脅。中國隨即傳喚日本駐中國大使表達抗議。在日本政府發表逮捕漁船船長消息後，日本外交部亞洲支局局長亦傳喚中國駐日大使表達抗議。同日，日本內政部長在記者會中表示：「在無惡意前提下，各國船舶皆可自由通行，但是不可從事捕撈活動。」8日，船長以妨礙公務嫌疑遭到逮捕。
日本海上保安廳表示：8月中旬以後，釣魚台周邊海域的中國漁船暴增，曾經一天多達270多艘。有時一天之內有多達70艘進入領海內捕魚。事件發生當日周邊有160多艘漁船從事捕撈，其中約30艘進入領海內捕魚。
9月中旬，胡錦濤在對日工作會報中指示：中國將在經濟、軍事、外交各方面對日本施加壓力，直到船長被日方釋放為止。14日，位於台北的日本交流協會前聚集抗議人士，並有一艘台灣漁船航行到釣魚台海域向日本抗議。中國外交部發言人對此充滿肯定：「這是具體呈現人民捍衛國家主權和領土的意志與決心」。
19日，石垣地檢做出船長延長拘留的決定，拘留期限到29日為止。20日，中國逮捕在河北省工作的4名日本人，他們被控違法拍攝軍事區域錄影帶。23日紐約時報報導，2名匿名者說，中國政府指示稀土業者禁止與日本簽訂新契約，同時禁止稀土運上前往日本的貨輪。24日，石垣地檢在記者會上說明：「此次並非計畫性事件，船長在本國亦無前科紀錄，在對日本國民的影響及今後日中關係種種考量之下，沒有繼續拘留之必要。」
各國媒體普遍認為日本屈服於中國壓力之下。韓國報紙25日的頭版新聞：「17天的領土戰爭，日本對中國豎起白旗」，除了對中國抱持高度警戒心之外，還認為這次日本的失敗案例可作為未來韓國對中外交的負面教材。東亞日報社論說：缺乏實力的正義很難存在於外交現實上。華盛頓郵報認為，中國在此證明了他們強大的影響力，他們可以對日本這個貿易國施加強烈的壓力。經常與中國發生邊界糾紛的印度報紙的社論則寫道：中國是發狂邊緣的表現，我們再一次深刻地體認到這個大國該有的成熟度與經濟成長率成反比。
東京都都長石原慎太郎在24日的定期記者會中陳述：「政府做出了非常錯誤的判斷，而中國的做法就像流氓一樣。事件發生時的錄影帶必須公佈，因為人民有知的權力。」
與那國漁會會長氣憤地說：「應該起訴的違法者為什麼釋放了？感覺我被我的國家背叛了。」雖然事件發生至今，附近海域已經看不到中國船，但是「一旦讓中國看到我們的軟弱，中國漁船馬上就會峰擁而至。」宮古島漁會會長說：「如此一來，我們擔心在釣魚台海域捕魚會遭受中國逮捕，日本應該更加強烈地主張釣魚台的領土權。」
許多日本民眾充滿不滿情緒：「此事件將使中國政府產生錯誤認知，以為只要以強硬高壓的態度對待日本，日本就會屈服。」「這是日本外交上的一大失敗事件。」還有人說：「令人意外地，民主黨竟然僅是這種程度的菜鳥集團。」「此事件將會使未來的外交工作留下禍根。」還有很多人罵著：「2009年底，在中國的壓力下破壞外交慣例，偷偷地安排習近平與天皇會談的小澤就是有名的媚中派首腦。」
25日凌晨1點半，中國派出專機抵達石垣機場，船長登機後，於2點起飛前往福建。抵達福州機場的船長在抵制日本記者採訪的記者會中對於記者「回家後想做什麼？」的提問做出回答：「我想去釣魚台捕魚。」中國政府則聲明釣魚台自古為其所有，日本對中國漁民的逮捕與搜查是違法且無效的行為，並要求日本政府對此次事件必須道歉及做出賠償。
25日下午3點多，日本駐中國使館人員終於見到了失聯多日的日本職員。在一個多小時的會面中，4人都表示沒有遭受暴力，希望使館職員代向家人報平安。
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